Ingénieur de recherche au sein du lab­o­ra­toire GEC, Stéphane Octave tra­vaille, avec Séver­ine Padi­ol­leau, sur la mal­adie de Lyme. Il explique le proces­sus de sélec­tion des son­des oligonucleotidiques.

Con­crète­ment ? « Dans un pre­mier temps, nous util­isons de l’ADN sim­ple brin ou de l’ARN qui peu­vent se struc­tur­er et ain­si pos­séder la capac­ité à recon­naître spé­ci­fique­ment une cible molécu­laire. Dans ce cas, cette séquence oligonu­cléo­tidique devient aptamère », dit-il.

Le proces­sus de sélec­tion de la cible ? « Il s’agit de pro­duire la pro­téine d’intérêt dans une autre bac­térie que celle impliquée dans la mal­adie de Lyme, de la puri­fi­er et de s’assurer qu’elle est dans sa con­for­ma­tion naturelle afin de pou­voir com­mencer la sélec­tion. On va fix­er cette pro­téine sur des billes mag­né­tiques que l’on met en con­tact avec notre banque d’ADN d’une diver­sité de 10¹⁴ oligonu­cléotides dif­férents. Ensuite, il nous faut isol­er, par­mi ces 10¹⁴ brins d’ADN, ceux sus­cep­ti­bles de recon­naître la cible pour devenir des can­di­dats aptamères. C’est là qu’intervient l’expertise du lab­o­ra­toire, et notam­ment de la Pr. Bérangère Bihan-Avalle, per­me­t­tant de men­er à bien cette sélec­tion. Si j’osais la métaphore, je dirais que ce proces­sus est fondé sur le principe des chais­es musi­cales mais à l’échelle molécu­laire. À chaque tour de sélec­tion, nous récupérerons les can­di­dats qui nous intéressent. Ain­si, si l’on fixe une pro­téine sur une bille et que l’on met notre banque d’ADN en con­tact, un cer­tain nom­bre de ces molécules d’ADN vont inter­a­gir, se lier à la pro­téine et être récupérées pour en faire des copies pour le tour suiv­ant. Le reste de l’ADN, non lié, n’aura pas d’intérêt à nos yeux. Au tour suiv­ant, les con­di­tions de sélec­tion sont mod­i­fiées pour faire en sorte que cela soit de plus en plus com­plexe de se fix­er à notre cible. On par­le dans ce cas de fig­ure de pres­sion de sélec­tion. C’est ain­si qu’au fur et à mesure nous arrivons à réduire la diver­sité et à obtenir quelques molécules can­di­dates au statut d’aptamères. Enfin, nous les syn­théti­sons de manière indépen­dante, et nous les testons une à une pour déter­min­er leur capac­ité à recon­naître spé­ci­fique­ment notre cible. Bien enten­du, nous gar­dons les meilleures en fonc­tion d’un seuil de per­for­mance com­pat­i­ble avec l’objectif d’utilisation finale », explique Stéphane Octave.

MSD